استاد شهید پس از گذراندن دوران مقدماتی تحصیلات در مشهد مقدس ، هفده ساله بود که وارد حوزه علمیه قم شد تا به تحصیلات خویش ادامه دهد . ایشان بعد از چندی در درس اخلاق حضرت امام خمینی (ره) شرکت کرد و آن چنان که خود می گویند از آن پس بود که گمشده ی خود را پیدا کرد . استاد مطهری نسبت به استادان خود احترام خاصی قائل بود ، اما بیش از همه با حضرت امام خمینی پیوند روحی و معنوی داشت. تا آنجا که خود در این باره می گوید :

( اما آن سفر کرده که صد ها قافله دل همراه او است. نام او ، یاد او ، شنیدن سخنان او ، روح گرم و پر خروش او ، استقامت او ، شجاعت او و ایمان او که زبانزد خاص و عام است. )